1、規模較小，實力偏弱，功能不全。大多數第三方物流企業條塊分割嚴重，企業缺乏整合，集約化經營勢不明顯，規模效益難以實現，只能提供單項或分段的物流服務。物流功能主要停留在儲存、運輸和城市配送上，相關的包裝、加工、配貨等增值服務不多，不能形成完整的物流供應鏈。

2、渠道不暢。方面，經營網絡不合理，第三方物流企業之間、企業與客戶之間缺乏合作。另方面，信息技術落后，因特網、條形碼、EDI等信息技術未能廣泛應用，物流企業和客戶不能充分共享信息資源，沒有結成相互依賴的伙伴關系。
3、人才缺乏，設施落后，管理水平低。第三方物流企業人才缺乏，素質不高。物流設備落后、老化，機械化程度不高，無法滿足客戶特定要求。
4、制度不健全。第三方物流市場秩序還不規范，行業道德低下，人們的公平競爭、公平交易意識淡薄。另外企業融資制度、產權制度、產權轉讓制度、市場準入退出制度、社會保障制度等不能適應企業經營的要求，因而限制了第三方物流快速及時的響應。